一見動いているように見えて、ほって置くと丸1日たっても終わらない・・・
対象法ですが、今のところは、BonTsDemuxとffmpegの実行バイナリに対して、
WindowsXP SP3の互換性オプションと、管理者オプションを付けたところ問題なく動いている様です。
解決しませんでした・・・。
何か方法はないものか…

（11/23 追記）

結局、最新版のffmpegを入手して、TsSplitterからBonTsDemuxを通さずに、直接ffmpegに渡す事で対処しました。
ついでに今までは指定時間に一括エンコードしていましたが、録画終了後直ぐに3CPUを使ってエンコードする様に変更しました（録画程度であれば1CPUでも十分に耐えられるため）。

（12/05 追記）